第三号宣言宣布：军务院直接隶属大总统，代行国务院

梁启超还起草了一系列布告致各国公使，争取外交上的主动。 与此同时，军务院督率大军，分湘、赣、闽三路，对袁世凯进行北伐。 梁启超在这一时期的作用仍然是举足轻重的，他是实际上的军务院的首脑或核心，他的政治、外交的才干，使得军务院有理有利、生机勃勃、步步主动；在政治上，以《约法》为依据，否定了袁世凯统治的合法性；军事上，统率西南，始终保持了对北洋军的压力；外交上则因为梁启超通晓国际各项惯例，再加上笔下有事实有条理之分析、综论，争取了一些国家对护国战争的理解，以至迟迟不承认袁世凯的洪宪帝制，在撤销帝制后仍观望委蛇，这一切都使袁世凯不得不得出一个结论：完了！ 军务院的成立，使护国战争达到了一个新的高潮，即这一功垂青史的运动，在梁启超的直接领导下，在军事的对抗取得初步胜利后，适时地转化成了根据《约法》的政治的较量，从而使中国坚持进步反对倒退的力量有了可以凭借的舞台，所谓挽狂澜于既倒，舍梁启超其谁？ 梁启超个人的力量当然有限，但梁启超投入护国战争的是他一生的政治资本、斗争经历，并且以不怕死的无所畏惧使南方将领无不心服。正是梁启超的远见卓识、政治韬略，才使那些一方霸主的都督们围绕在他的周围，而没有使这一战争成为攻城掠地的军阀之战。 “功莫大焉！梁任公！”时人纷纷感叹。 军政院成立之后南北对峙的焦点是：袁世凯是否下台？梁启超力主“国事至今日舍项城退外，更无弭兵之望”。对袁世凯自称不做洪宪皇帝退下来仍是大总统的说法，梁启超讥讽道： “再醮之妇，更求归奉宗祧，不徒悖于大礼，且亦难以为情。”同时梁启超又推重段祺瑞、冯国璋，但前提是袁世凯必须下台，“项城不退，虽公不能挽今日之局”--梁启超在致段祺瑞的电报中说。 1916年6月6日，袁世凯在众叛亲离的举国声讨中忧惧而死，直到最后一刻自知回生乏术之后，袁世凯长叹一声道：“总统应该就是黎元洪的，我就是好了，也要回洹上养老了。” 袁世凯至死不说一个“死”字。 洹上风光，太行迤逦，这是袁世凯最后的眷恋吗？而在前一天，稍稍清醒时，他望着爱子袁克文：“你还做诗吗。？”袁克文满心悲怆无言以对，就是为了那首劝他父亲不要做皇帝的诗，他被软禁在中南海的。袁世凯回光反照，神情亢奋：“你念给我听听。” 袁克文：“父亲安心养病，那是儿子胡诌的，你不要再操心了。” 袁世凯：“念！”袁克文轻声念道： 乍着微棉强自胜，阴晴向晚未分明。 南回寒雁掩孤月，东去骄风动九城。 驹隙留身争一瞬，蛩声催梦欲三更。 绝怜高处多风雨，莫到琼楼最上层。 袁世凯听罢闭目，喃喃说：“好！写得好！”稍顿，还想张嘴说什么时，却又昏迷了。 袁世凯死后，护国战争的军事活动完全停止。袁世凯死了，袁世凯死后中国又会怎么样呢？ 梁启超是5月底得到其父不幸病逝的消息的，多少年漂泊流亡，近年又忙于军中护国，几与家人断绝音信，不能侍奉老父病榻之前，心中悲苦顿时成为两行热泪。 梁启超不假思索，辞去军务院本兼各职，闭门居丧，声称不忍复与闻国事。 袁世凯去世的消息传来，梁启超先是一惊，实在出乎意料，这些日子从两广跑到上海反复动员冯国璋，为的就是逼袁退位，哪知道袁世凯生不退死退，一退到底了。 “死了？”梁启超环顾左右。 “死了！”梁启超的左右告诉他。 、 1916年6月7日，梁启超无法再闭门居丧了，政治，像海里的浪涛一样永远消失不掉的政治，或者推着你向前运动，或者把你沉没，有时使你直上巅峰，有时却又将你扔向谷底，若生若灭。若进若退，若高若低，若毁若成的政治冲浪，再一次把梁启超卷入其中了。 虽然，那不是刀枪相对的战争，可是就其复杂的程度而言。又岂是战场可比？南北对峙、派系纷争依然激烈，南方要求北洋军北撤，并恢复孙中山先生的《临时约法》；而以段祺瑞为总理的北京政府却坚持武装统一，主张恢复袁世凯的民国三年的约法，段祺瑞居国务卿的有利地位，得陇望蜀已经觊觎大总统的宝座了。北洋系的另一实力人物便是坐镇东南扼守长江之险的冯国璋，他拥兵自重，因为和梁启超的私谊，因而主张对护国军多作一点让步。 而当时的副总统黎元洪，则比较倾向于南方的护国军，因为只要恢复《临时约法》，那么大总统的位置便非他莫属。 梁启超面对的是真正的错综复杂，纵横交错。但，从指导思想而言，梁启超主张尽早罢息干戈，南北统一，稳定全局，恢复国会，实行资产阶级立宪政治。 无论如何，护国之役是结束了。 你方唱罢他登场，社会大舞台不就是梨园小戏台的加宽放大吗？ 作为护国战争的主帅、是次南北统一的力倡者，梁启超自然声誉日隆，并为黎元洪总统电邀进京，作总统府秘书长，称梁启超为“泰山北斗”、“模楷人伦”。梁启超婉辞了：“自审才器所宜。觉今后报国之途，与其用所短以劳形于政治，毋宁用所长以献身于教育。”